白蚁与真菌间关系引起注意的是共生现象，大白蚁亚科与白蚁菌所构成的菌圃z为一般人所熟悉。关于菌圃的作用有种种推论，例如产生温度以维持蚁巢在高温状态，维持较高的恒湿状态，便于保卵等关系，培养土白蚁时如能加少量新鲜菌圃，发育就较旺盛。在自然界观察白蚁时，常常发现有些白蚁会被某种菌类所诱引。利用此现象，可以进行白蚁防治，工蚁中亦有同样现象。

潜伏在下等白蚁后肠中有丰富的原生动物。其中有一类是鞭毛虫类，已被证明与寄主间存在着共生或互助关系。科学家曾经通过实验研究，证明白蚁根据原生动物所分泌的消化酶能消化纤维素。不过，在高等白蚁(白蚁科，占白蚁种类数75%)都缺少共生的原生动物，仅有细菌类潜伏于肠内。

肠内共生的鞭毛原生动物每当一次脱皮后就被遗弃，新脱皮的幼蚁经过其他关联的感染，才恢复其原生动物。肠内原生动物的研究，可以推测寄主白蚁系统分类的根据，因为寄主白蚁和它的原生动物的关系可以回溯到一亿年以上的历史关系和生态关系。